东海岸
花莲海岸线绵延狭长、海水洁净，其间地质变化复杂，加上江河入海、周边洋流回绕，以及海底的岩层组成，使海岸拥有河口、砂岸、砾岸、岩岸潮间带、近海表层、岩礁底、珊瑚礁、大洋表层等生态系。

太鲁阁国家公园
太鲁阁境内山峦相间、地势高耸，又经立雾溪流水雕蚀，囊括了寒原、箭竹草原、针叶林、针阔叶混生林、常绿阔叶林、河流等数种生态系。

花东纵谷
花东纵谷西有中央山脉，东邻海岸山脉，谷地与山脉高度相差高达两千多公尺，加上水系密布，物种丰富。包含高山溪流、森林、常绿阔叶林、亚热带草原、热带草原、热带雨林、灌木林、河流、河口等生态系。