東海岸
花蓮海岸線綿延狹長、海水潔淨，其間地質變化複雜，加上江河入海、周邊洋流迴繞，以及海底的岩層組成，使海岸擁有河口、砂岸、礫岸、岩岸潮間帶、近海表層、岩礁底、珊瑚礁、大洋表層等生態系。

太魯閣國家公園
太魯閣境內山巒相間、地勢高聳，又經立霧溪流水雕蝕，囊括了寒原、箭竹草原、針葉林、針闊葉混生林、常綠闊葉林、河流等數種生態系。

花東縱谷
花東縱谷西有中央山脈，東鄰海岸山脈，谷地與山脈高度相差高達兩千多公尺，加上水系密佈，物種豐富。包含高山溪流、森林、常綠闊葉林、亞熱帶草原、熱帶草原、熱帶雨林、灌木林、河流、河口等生態系。